在正常的孵化管理中，蛋产出后尽管贮存时间较短，但也不可能立即入孵。因此，种蛋在放入孵化机前要经过一定时间的贮存。即使种蛋来源于优秀的种鸭群；又经过严格的挑选，品质优良的种蛋，如果保存条件较差，保存方法不当、对孵化效果均有不良的影响。尤其是在冬、夏两季更为突出。因此，应给种蛋创造一个适宜的保存条件和方法。
（一）种蛋贮存室的要求。大型的孵化场应有专门的种蛋贮存室。贮存室要求隔热性能良好、无窗式的密闭房间。此外，贮存室内还应配备恒温控制的采暖设备以及制冷设备，配备湿度自动控制器。种蛋贮存室与鸭舍之间的距离越远越好，同时应便于清洗和消毒。
（二）适宜的温度和湿度种蛋保存的理想温度为13-16度，但保存时间不同也有差异，保存在7天以内，控制在15度较适宜，7天以上以11度为宜。高温对种蛋孵化率的影响极大，当保存温度高于23度，胚胎开始缓慢发育，尽管发育程度有限，但由于细胞的代谢会逐渐导致胚胎的衰老和死亡；相反温度过低，也会造成胚胎的死亡，影响孵化率，低于0度时，种蛋因受冻而失去孵化能力。应注意的是，不管在什么情况下，种蛋应存放在比较稳定的温度环境中。因此，在贮存前，如果种蛋的温度低于保存温度，应逐步降温，使蛋温接近贮存室温度。然后放入贮存室。温度过高，蛋表面回潮，种蛋容易发霉变质，湿度过低，蛋内水分大量蒸发，势必影响孵化效果、保存的湿度以近于蛋的含水量为好，贮存室内一般相对湿度控制在75-80%范围内为宜。
（三）适宜的蛋位。保存一周内的种蛋，存放时的蛋位对孵化率或许只有较小的影响。为了使气室保持适当位置，种蛋应以钝端向上。如果每天转蛋，钝端向上保存之周以上的种蛋仍可获得较好的孵化效果。钝端向上可防止胚胎与壳膜的粘连，否则引起胚胎的早期死亡。保存期较长时，翻蛋的角度以大于90度为宜。
（四）适宜的保存期 保存期越短，对提高孵化率有利。随着保存期的延长，孵化率会逐渐下降。孵化率的下降与季节也有很大的关系，即使有适当的保存条件，保存时间过长，也难以获得理想的孵化效果。因为新鲜蛋的蛋白具有杀菌作用，长期保存后，蛋白的杀菌作用急剧下降；另一方面，保存时间过长，蛋内水分的过分蒸发，导致内部PH值的改变，各种酶的活动加强，引起胚胎的衰老，营养物质的变化及残余细菌的繁殖，从而危害胚胎降低孵化率。种蛋如需较长时间的保存，可将种蛋装在密封的塑料袋内，填充N2，密封后放在蛋箱内，这样可阻止蛋内物质和微生物的代谢，防止蛋内水分的过分蒸发。如果保存期超过3-4周。仍可获得70-80%的孵化率。种蛋长期保存时，每天翻蛋一次，也可延缓孵化率的急剧下降。